Jedným k kľúčových pilierov toho, aby najvyššia kontrolná inštitúcia mohla vykonávať svoj mandát nielen v intenciách medzinárodných pravidiel, ale aj ústavných princípov na národnej úrovni, je nezávislosť. Základná úloha nezávislosti externých kontrolných autorít vychádza z Limskej a Mexickej deklarácie, pričom oba tieto medzinárodné dokumenty boli prijaté Organizáciou spojených národov. Na úrovni medzinárodného kontrolórskeho spoločenstva (INTOSAI) už niekoľko rokov existuje rýchly  profesionálny nástroj ochrany nezávislého a nestranného posúdenia ochrany nezávislosti národného kontrolného úradu. „Ide o procedúru SIRAM, ktorá bola oficiálne spustená z pozície INTOSAI na ochranu poľského kontrolného úradu. Ten bol dlhodobo vystavovaný politickým útokom zo strany predstaviteľov vládnej moci a rovnako zásahom do fungovania úradu či pôsobnosti jeho ústavných činiteľov,“ konštatuje predseda NKÚ. Jednotlivé negatívne zistenia sa premietli aj do hodnotenia demokracie a pokroku v Poľskej republike zo strany Európskej komisie. „Po prvýkrát v histórii Únie boli závery hodnotenia ochrany nezávislého pôsobenia kontrolnej inštitúcie odstúpene národným a zároveň medzinárodných autoritám, pričom tento postup bol podporený všetkými kontrolnými úradmi členských štátov Európskej únie,“ uviedol predseda slovenského NKÚ Ľubomír Andrassy.

Limská deklarácia bola prijatá v roku 1977 a obsahuje komplexný pohľad na rolu nezávislého kontrolného orgánu v rámci modernej demokratickej spoločnosti a definuje jeho kompetencie pri nestrannom posúdení využitia verejných financií a majetku. Deklarácia definuje aj povinnosť členských štátov Organizácie spojených národov ukotviť vo svojich zákonoch medzinárodné princípy fungovania externých kontrolných autorít v kontexte štyroch princípov. Ide o princíp ústavnej nezávislosti, nezávislosti jej predstaviteľov, finančnej nezávislosti a nestrannej kontrolnej činnosti. Všetky tieto medzinárodné atribúty boli na Slovensku premietnuté do najvyššieho zákona – Ústavy SR v roku 1992 a následne do zákona o Najvyššom kontrolnom úrade SR. V záujme nezávislého a profesionálneho preverenia činnosti NKÚ, slovenskí kontrolóri spravidla v intervale troch rokov podstupujú nezávisle hodnotenie ich činnosti s využitím celosvetovo platnej metodiky Peer Review alebo PMF. Slovenský kontrolný úrad naposledy postúpil hodnotenie s použitím metodiky Peer Review v roku 2021, pričom v budúcom roku bude vykonaná kontrola prijatých opatrení odborníkmi z USA, Fínska, Maďarska a Poľska.