Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky vykonal kontrolu realizácie výziev a vyzvaní v programovom období 2014–2020, ktorej predmetom bolo overiť súlad jednotlivých postupov sprostredkovateľského orgánu, a to Výskumnej agentúry pri rozhodovaní o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Kontrolóri primárne preverovali, či agentúra koná v súlade so zákonom o príspevku poskytovanom z európskych štrukturálnych a investičných fondov. Preverením dokumentov na vybranej vzorke žiadostí o NFP v rámci výziev na podporu Priemyselných výskumno-vývojových centier a dlhodobého strategického výskumu a vývoja zistil NKÚ SR závažne nedostatky. Agentúra okrem iného rozšírila podmienky pre predkladanie žiadosti tak, že o nenávratný príspevok sa mohol uchádzať aj subjekt, ktorý nemusel mať dostatočnú spôsobilosť vykonávať kvalitné výskumno-vývojové aktivity. Týmto krokom umožnila podnikateľom, ktorí nemuseli mať dostatočnú spôsobilosť vykonávať kvalitné výskumno-vývojové aktivity, aby sa stali oprávnenými žiadateľmi.