Základ kvalitného a cieleného výkonu kontrolnej činnosti zo strany nezávislej národnej autority predstavuje systematické napĺňanie stanovených cieľov. Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky aj z tohto dôvodu prijal stratégiu zamerania kontrolnej činnosti na roky 2018 – 2020. Určovanie oblastí prebehlo v súlade s medzinárodnými príručkami a štandardmi pre strategické plánovanie národných kontrolných inštitúcií. NKÚ SR pri tom zohľadňuje myšlienky iniciatívy „Hodnota za peniaze“, ku ktorej sa prihlásil v roku 2016 a vyslovil tak zámer orientovať sa na hodnotenie najdôležitejších aktivít štátu aj z hľadiska výsledkov a úžitku pre občanov.