Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky ako hlavný orgán kontroly pre Program švajčiarsko-slovenskej spolupráce na Slovensku vykonal záverečnú kontrolu zameranú na Švajčiarsky finančný mechanizmus, ktorého prostriedky mali v ostatných desiatich rokoch prispievať k zníženiu hospodárskych a sociálnych rozdielov v rámci Európskej únie, ako aj Slovenskej republiky. NKÚ SR konštatuje, že program sa jednoznačne sústredil na dosiahnutie stanovených cieľov a prístup riadenia programu vyhodnotil ako príklad dobrej praxe použiteľný aj pri ďalších projektoch využitia nenávratných finančných príspevkov napríklad v rámci realizácie výziev a vyzvaní.