Najvyšší kontrolný úrad SR v rámci plánu kontrolnej činnosti na rok 2016 naplánoval kontrolnú akciu, ktorá sa sústredila na realizáciu výziev a vyzvaní v programovom období 2014 – 2020. Kontrolóri mali za úlohu overovať súlad postupov riadiacich a sprostredkovateľských orgánov v oblasti vyhlásenia výziev a vyzvaní, kontrolovať správnosť dokumentov, ako aj proces odborného hodnotenia žiadostí o nenávratný finančný príspevok. Vzhľadom na nedostatočný počet vyhlásených výziev nebolo možné zo strany úradu kontrolu zrealizovať. O alarmujúcej situácii informoval predseda NKÚ SR Karol Mitrík listom predsedu vlády SR Roberta Fica.