Porušenie § 19 ods. 6 zákona o rozpočtových pravidlách - Na základe Realizačnej zmluvy s Deloitte Advisory, s.r.o. uhradilo ministerstvo za tri dokumenty, súvisiace so stratégiou rozvoja verejného prístavu v Bratislave a s analýzou vodnej dopravy celkom 517 860,00 eur. V dokumentoch sa opakovane vyskytovali obsahovo identické časti.

V prípade zmeny zmluvných podmienok čiastkových zmlúv s VÚD nebol vždy dodržaný postup v súlade s jej záverečnými ustanoveniami.

Ministerstvo uhradilo AKMG za právne služby v období rokov 2015 a 2016 na základe dvoch realizačných zmlúv sumu 1 111 541,93 eur. Mzdové prostriedky vynaložené na zamestnancov odboru právneho počas celého kontrolovaného obdobia rokov 2013 - 2016 vrátane odmien pritom predstavuje sumu 518 409,06 eur. Na základe Realizačnej zmluvy č. 953/D200/2014 boli AKMG k 31.12.2016 uhradené finančné prostriedky v celkovej sume 370 421,93 eur. Podstatnú časť z tejto sumy tvorí úhrada za vypracovanie právnych analýz a to vo výške 309 184,80 eur, čo predstavuje až 83% z celkovej sumy uhradenej advokátovi. Suma vo výške 61 237,13 eur predstavujúca 17 % bola uhradená advokátovi za poskytovanie právneho poradenstva. V rámci sporovej agendy bolo advokátom vypracovaných 5 právnych analýz, (teda vo všetkých prípadoch sporovej agendy) v celkovej sume 195 256,80 eur. AKMG vypracovalo právnu analýzu posudzujúcu, či uzatvorením dodatkov k Zmluve o dopravných službách vo verejnom záujme, ktoré boli výsledkom balíčka opatrení v železničnej doprave, môže dôjsť k diskriminácii iných dopravcov ako aj posúdenie týchto kompenzácií poskytovaných na základe uvedenej zmluvy z pohľadu pravidiel štátnej pomoci. Právna analýza potvrdzovala už prijatý balíček opatrení v osobnej železničnej doprave. Za právnu analýzu uhradilo ministerstvo sumu 73 432,80 eur.

Z preverenej dokumentácie tiež vyplynulo, že AKMG nepredkladala faktúry v zmysle ustanovenia Rámcovej zmluvy, ale v nadväznosti na špecifikáciu vykonanej práce za obdobie viac ako jedného kalendárneho mesiaca (2- 5 mesiacov).

Preverením výstupov vypracovaných poskytovateľom na základe čiastkovej zmluvy BAT (Čiastková zmluva o poskytovaní služieb reg. č. 848/2015-2050-3200 z 16.12.2015 so spoločnosťou Havel, Holásek & Partners s.r.o. ) kontrola NKÚ SR zistila, že výstup „Právny rozbor“ zo dňa 29.02.2016 nevypracoval poskytovateľ v súlade s článkom III. a prílohou č. 1 čiastkovej zmluvy BAT. „Právny rozbor“ neobsahoval objednané časti týkajúce sa korporátnej histórie BAT, preverenie vlastníckeho práva k veciam, poistných a úverových zmlúv, dodávateľských a odberateľských zmlúv, zmluvných vzťahov, stavu povolení, prebiehajúcich a plánovaných investičných nákladov a analýzu potrebných súhlasov tretích strán. Napriek uvedeným nedostatkom MH SR akceptačným protokolom potvrdilo úplnosť a súlad dodaného rozboru s predmetom čiastkovej zmluvy BAT. Listom zo dňa 21.09.2016 MH SR následne úplnosť rozboru spochybnilo. Poskytovateľ následne ministerstvu predložil doplnený materiál „Právna analýza (aktualizovaná verzia zo dňa 12.12.2016)“, ktorý vyššie uvedené časti síce obsahoval, ale len v rozsahu cca 2,5 strany formátu A4, čo nezodpovedalo kvalitatívnym a kvantitatívnym požiadavkám MH SR uvedenými v prílohe č. 1 k čiastkovej zmluve BAT, ktorá predpokladala práce v celkovom trvaní cca 1 130 hodín a cenu 90 732 eur s DPH. Ďalej právna a ekonomická analýza vôbec neobsahovali časti týkajúce sa „ad hoc“ odborného poradenstva (v predpokladanom trvaní 223 hodín a cene 13 244,40 eur s DPH), pričom tieto boli vyfakturované a zaplatené. Celkom MH SR zaplatilo za služby, ktoré neboli vykonané vôbec, resp. neboli vykonané v primeranom rozsahu a kvalite sumu 103 976,40 eur s DPH (86 647,00 eur bez DPH). Tým, že ministerstvo uhradilo služby, ktoré neboli vykonané vôbec resp. neboli vykonané v adekvátnom rozsahu a kvalite, použilo verejné prostriedky v rozpore s určeným účelom, čím sa dopustilo porušenia ust. § 31 ods. 1 písm. a) zákona o rozpočtových pravidlách verejnej správy.