Kompetencie pre činnosť CKS prevzalo MZ SR od ÚDZS v januári 2021. MZ SR ako Centrum pre klasifikačný systém nevybudovalo technické riešenie na sprístupnenie dát celého funkčného DRG portálu, čím nedodržalo ustanovenie § 67b ods. 1 písm. f) zákona o zdravotných poisťovniach, v zmysle ktorého nebola zabezpečená prevádzka, správa a vývoj referenčnej databázy, ako aj prevádzka a správa programového vybavenia určeného na vývoj systému. 1. Vzhľadom na uvedenú skutočnosť pristúpilo MZ SR od marca 2021 k prenájmu stále funkčného DRG portálu z ÚDZS, ktorý je zazmluvnený do konca roka 2022.

Ministerstvo zdravotníctva SR ako CKS v zmysle ustanovenia § 67b ods. 1 písm. a) zákona o zdravotných poisťovniach vykonáva prostredníctvom webového portálu zber medicínskych a ekonomických údajov súvisiacich s poskytovaním ústavnej starostlivosti od užívateľov klasifikačného systému DRG vždy za predchádzajúci kalendárny rok v termíne do 30. apríla. Tento termín nedodržalo 14 PÚZS. V zmysle § 79 ods. 1 písm. zb) zákona o poskytovateľoch zdravotnej starostlivosti sú PÚZS povinní zasielať v elektronickej podobe centru pre klasifikačný systém DRG údaje do 15. mája kalendárneho roka za predchádzajúci kalendárny rok. Tento termín nedodržalo šesť PÚZS. Kontrolou bol zistený nesúlad termínov medzi zákonom o zdravotných poisťovniach a zákonom o poskytovateľoch zdravotnej starostlivosti, kde v zákone o zdravotných poisťovniach je uvedený termín zberu medicínskych a ekonomických údajov CKS do 30. apríla a v zákone o poskytovateľoch zdravotnej starostlivosti je stanovený termín na zasielanie údajov pre CKS do 15. mája.

Ministerstvo nevypracovalo štatút skúšobnej komisie, čím nebolo dodržané ustanovenie § 67c ods. 7 zákona o zdravotných poisťovniach, podľa ktorého sa skúška vykonáva pred skúšobnou komisiou, ktorá je najmenej trojčlenná. Členov skúšobnej komisie a jej predsedu vymenúva a odvoláva minister zdravotníctva. Podrobnosti o zložení skúšobnej komisie, jej činnosti a priebehu skúšky podľa odseku 6 upraví štatút skúšobnej komisie, ktorý vydá ministerstvo zdravotníctva.

Podľa organizačného poriadku úradu do konca roka 2012 bol vytvorený CKS bez jednotlivých útvarov, čo nebolo v súlade s koncepciou, podľa ktorej v rámci implementačnej fázy DRG systému mali byť v CKS vytvorené tri oddelenia (medicínske, ekonomické, IT a štatistické).

V roku 2013 nebol vypracovaný dodatok k štatútu v zmysle uznesenia RV, ktorým riadiaci výbor zaviazal predsedníčku vypracovať dodatok ohľadom zrušenia povinnosti zachovávať mlčanlivosť členom riadiaceho výboru. Došlo tým k porušeniu štatútu v čl. IV bod 6., podľa ktorého uznesenia RV sú pre predsedu úradu záväzné s výnimkou tých uznesení, ktoré môžu mať vplyv na hospodárenie úradu

Neexistovala žiadna norma/predpis, ktorá by definovala úlohy, zodpovednosti a kompetencie pracovných skupín pri RV, externých pracovných skupín zapojených priamo do procesu zavádzania DRG v SR

Kontrolovaný subjekt tým, že uhradil celkovú cenu práce v sume 117 239,36 eur porušil ustanovenie § 19 ods. 6 zákona o rozpočtových pravidlách, podľa ktorého sa verejné prostriedky môžu používať na krytie nevyhnutných potrieb. Subjekt verejnej správy je povinný pri používaní verejných prostriedkov zachovávať hospodárnosť, efektívnosť a účinnosť ich použitia.

Vzhľadom k tomu, že citované ustanovenie § 20b) zákona č. 581/2004 Z. z. zahŕňalo v kontrolovanom období ako užívateľov DRG systému všetkých PÚZS, ktorí sú držiteľmi povolenia na prevádzkovanie všeobecnej nemocnice alebo povolenia na prevádzkovanie špecializovanej nemocnice a ministerstvo zdravotníctva, mali byť do implementácie systému DRG zaradení všetci a nie len vybraní PÚZS, čo bolo v rozpore s cit. ustanovením zákona č. 581/2004 Z. z.