Uvedené skutočnosti má v zmysle Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov preverovať administratívna kontrola RO resp. SORO a to z hľadiska vecného plnenia jednotlivých projektov. Súčasťou prijatého opatrenia č. 1 bolo aj vykonanie kontroly na mieste u prijímateľa NFP. Podľa usmernenia k výkonu administratívnej kontroly predmetom kontroly na mieste sú všetky skutočnosti súvisiace s implementáciou projektu a plnením podmienok vyplývajúcich zo Zmluvy o poskytnutí NFP, najmä: - kontrola skutočného dodania tovarov, vykonania prác na projekte alebo poskytnutia služieb deklarovaných na faktúrach a iných relevantných účtovných dokladoch, ktoré predložil prijímateľ SORO OPIS ako súčasť ŽoP. Pri sumarizačných hárkoch sú to inventarizačné čísla nadobudnutého tovaru, dodacie listy a účtovné záznamy; V zmysle čl. 4 nariadenia Komisie (ES) č. 438/2001 z každej kontroly na mieste sa vyhotovuje písomná Správa z kontroly na mieste. Podľa prijatých opatrení bola kontrola na mieste u prijímateľa plánovaná na začiatok roka 2013. Kontrolou bolo zistené, že MF SR SORO začal výkon kontroly na mieste dňa 02.04.2014, čo je takmer jeden a pol roka od prijatia opatrenia. Subjekt Správu z kontroly na mieste nepredložil nakoľko kontrola na mieste zatiaľ ukončená nebola. Podľa vyjadrenia zodpovedných zamestnancov SORO MF SR bol výkon kontroly na mieste posunutý s cieľom vyhnúť sa duplicite pri výkone kontroly vzhľadom na realizovaný Audit č. A513 K3313. Podľa SORO počet kontrol na mieste na projektoch OPIS má stúpajúcu tendenciu: 2010 - 2, 2011 - 10, 2012 - 6, 2013 - 12, Vychádzajúc zo závažnosti nedostatkov zistených kontrolou NKÚ SR v realizácii projektu „Elektronické služby zdravotníctva“ v oblasti nezrovnalostí vo fakturácii a skutočnom plnení, bolo podľa názoru NKÚ SR vykonanie kontroly na mieste neodkladné bez ohľadu na plánovaný výkon vládneho auditu. Taktiež deklarované zvyšovanie počtu kontrol na mieste nie je podľa názoru NKÚ SR dostatočné vzhľadom na počet projektov a nedostatky vyskytujúce sa pri implementácii. NKÚ SR považuje túto časť opatrenia za nesplnenú.