Nestanovenie konkrétnych cieľov a merateľných ukazovateľov vo fáze nastavovania sociálneho podnikania, ktoré ministerstvo vnímalo ako pilotné, je síce do istej miery pochopiteľné, vzhľadom na množstvo vynaložených prostriedkov v rámci troch NP však bola táto oblasť vyhodnotená ako nedostatočná. Podľa vyjadrenia ministerstva k hodnoteniu činnosti sociálnych podnikov a k sledovaniu ich prínosu nedošlo najmä z dôvodu personálneho poddimenzovania odboru sociálnej ekonomiky. Je potrebné skonštatovať, že strategický prístup chýba aj do budúcna. Vzhľadom k pokračovaniu projektu v rámci nového NP do roku 2027, resp. aj ďalej, je potrebné vytvoriť stratégiu, ktorá bude reflektovať nielen na existujúce postupy, ale predovšetkým na doterajšie skúsenosti a na inovatívne riešenia tak, aby boli oslovené aj nové skupiny aktérov. Keďže táto problematika zasahuje aj do iných oblastí (školstvo, financie, spravodlivosť, verejné obstarávanie), nezaobíde sa bez participácie zainteresovaných inštitúcií štátu a verejného sektora. Preto je potrebné, aby bol vytvorený strategický materiál, schválený na úrovni vlády, ktorá svojim uznesením môže zaviazať súvisiace ministerstvá k medzirezortnej spolupráci. Tento prístup bude zo strany NKÚ SR odporúčaný v správe o výsledku kontroly.

Sociálne podnikanie na Slovensku je pomerne mladá oblasť s nedostatkom praktických skúseností a navyše naviazaná na čerpanie rôznych druhov finančných pomocí a iných výhod. Kontrola dodržiavania ustanovení zákona, ktorý sa v kontrolovanom období aplikoval do praxe prakticky v pilotnom režime, sa tak javí ako nevyhnutná. Povinnosť kontroly navyše vyplýva ministerstvu aj z § 25 ods. 1 bod f) zákona o sociálnej ekonomike. Ministerstvo nevykonalo počas kontrolovaného obdobia žiadnu komplexnú hĺbkovú kontrolu v sociálnych podnikoch. Nebolo tak schopné zhodnotiť, či prostriedky na sociálne podniky boli vynaložené efektívne. Podľa predložených dokumentov, odbor sociálnej ekonomiky každoročne predkladal odboru kontroly na ministerstve plán kontrol, kde vytypoval približne 10 až 18 sociálnych podnikov. Z vyjadrenia ministerstva vyplýva, že dôvodom nerealizovania týchto kontrol, boli nedostatočné kapacity odboru sociálnej ekonomiky, ako aj odboru kontroly. Tento stav sa prejavil aj na udeľovaní pokút, keď od roku 2018 do konca októbra 2023 ministerstvo neudelilo sociálnym podnikom ani jednu pokutu.

Rovnako ako v prípade investičnej pomoci, aj kompenzačná pomoc bola štátom v čase jej implementovania do zákona vnímaná ako dôležitá forma podpory sociálnych podnikov. Kritérium pre hodnotenie tejto oblasti bol preto pre kontrolu fungujúci mechanizmus kompenzačnej pomoci a jej dostupnosť vo všetkých formách pre sociálne podniky. Kompenzačná pomoc vo formách a) až d) od roku 2018 až do súčasného obdobia nefungovala. Bola realizovaná len formou vyrovnávacieho a umiestňovacieho príspevku, pričom umiesťňovací príspevok sa využíval len minimálne. Z tohto pohľadu vníma NKÚ SR absenciu iných foriem kompenzačnej pomoci za jednu z možných príčin, ktoré mohli mať negatívny vplyv na výraznejší rozvoj sociálneho podnikania na Slovensku. Aj skutočnosť, že vyrovnávacie príspevky boli jedinou reálnou formou podpory, má za následok, že v súčasnosti na Slovensku fungujú takmer výlučne integračné podniky, prípadne kombinácia integračného a všeobecného sociálneho podniku, na úkor iných typov sociálnych podnikov. Dôvodom tohto stavu bol podľa vyjadrenia ministerstva fakt, že na iné formy kompenzačnej pomoci neboli od roku 2018 vyčlenené finančné prostriedky. Tie boli vyčlenené Ministerstvom financií SR až v roku 2022 na roky 2023 – 2027 v rámci novely zákona o sociálnej ekonomike, ktorou sa ustanovili nové podmienky, za ktorých sa podnik v širšom priestore sociálnej ekonomiky kvalifikuje na kompenzačnú pomoc