Pri faktúre číslo 20140100001 zo dňa 14.10.2013 bol priložený detailný pracovný výkaz, v ktorom bolo nesprávne uvedené vykonanie len vládneho auditu A471. Pri niektorých popisoch vykonaných činnostiach mali byť uvedené aj vládne audity A472 a A532.

Na likvidačných listoch k faktúram č. 310049/2013, č. 311462/2013, č. 311681/2013, č. 311682/2013, č. 311680/2013 a č. 311679/2013 je uvedené číslo zmluvy 4600000816, pričom v zmysle IRA MF SR č. 4/2011 malo byť uvedené číslo 2011194028. V zmysle IRA MF SR č. 4/2011 Článku 2 odseku (5) je číslo zmluvy jednoznačný identifikátor, prideľovaný modulom EZOF. Každý organizačný útvar je povinný uvádzať ho vo vnútornom písomnom styku. Tým, že nebolo uvádzané číslo zmluvy pridelené modulom EZOF, MF SR nepostupovalo v súlade s Článkom 2, odseku 5 IRA MF SR č.4/2011.

Faktúra č. 8319000848 z 28.06.2013 v sume 66 135,- EUR s DPH bola vystavená za práce vykonané v zmysle rozvojovej zmeny č. C101990, ako rozšírenie funkcionality ISUF v oblasti nastavenia procesu pri zmene splatnosti a zmene výšky pohľadávky. Výsledkom vykonaných prác bol proces zautomatizovania už existujúcich procesov a subprocesov. Ďalej boli zmeny v spracovaní čiastočne vysporiadanej pohľadávky. Z uvedeného vyplýva, že išlo o rozšírenie, vylepšenie a modifikáciu modulov ISUF. Uvedená faktúra č. 8319000848 v sume 66 135,00 EUR bola účtovaná na účet 518 116 - ostatné služby. Vzhľadom na charakter prác, uvedená faktúra mala byť účtovaná na účet 411 00 - obstaranie dlhodobého nehmotného majetku. Tým, že faktúra nebola správne účtovaná, MF SR nepostupovalo v súlade s § 8 ods. 1 zákona 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov a Opatrenia MF SR č. MF/16786/2007-31 ktorým sa ustanovujú podrobnosti o postupoch účtovania a rámcovej účtovnej osnove pre rozpočtové organizácie, príspevkové organizácie, štátne fondy, obce a vyššie územné celky v znení neskorších predpisov (ďalej len „opatrenie MF SR o postupoch účtovania“). Faktúra č. 8319000852 z 28.06.2013 v sume 34 392,00 EUR s DPH bola vystavená za práce vykonané v zmysle rozvojovej zmeny č. C102352 ako rozšírenie funkcionality ISUF v module pre výber vzorky, ktorá umožňuje úpravu pri každej žiadosti o platbu, hodnotu výšky chybovosti priamo v aplikácií za zvolenú populáciu a zavedenie novej štatistickej metódy výberu vzorky. Uvedená faktúra č. 8319000852 v sume 34 392,00 EUR bola účtovaná na účet 518 116 - ostatné služby. Vzhľadom na charakter prác uvedená faktúra mala byť účtovaná na účet 411 00 - obstaranie dlhodobého nehmotného majetku. Tým, že faktúra nebola správne účtovaná MF SR nepostupovalo v súlade s § 8 ods. 1 zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov a Opatrenia MF SR o postupoch účtovania.

Nebolo zrejmé, akým spôsobom bola vykonaná kontrola Súhrnných pracovných listov kontaktnou osobou na príslušnom odbore, nakoľko v prípade jedného zamestnanca v Súhrnných pracovných listoch za mesiace január – marec 2013 nebolo uvedené nárokované percento. V zmysle Základných zásad vypĺňania súhrnných pracovných listov uvedených v Príručke 6.0 bolo pri vypĺňaní súhrnných pracovných listov potrebné klásť dôraz aj na uvedenie poslednej odrážky, ktorá mala vždy obsahovať nasledovný text: „ostatné oprávnené činnosti v súlade s opisom štátnozamestnaneckého miesta“. V prípade zamestnancov v štátnozamestnaneckom pomere „a ostatné oprávnené činnosti v súlade s opisom zamestnancov vo verejnej službe“. Kontrolná skupina NKÚ SR vykonanou kontrolou zistila, že v niektorých Súhrnných pracovných listoch týkajúcich sa ŽoP č. 22220320010510, predmetný text uvedený nebol. Pri výkazoch práce, ktoré tvorili prílohu k ŽoP č. 22220320010510 k financovaniu miezd z technickej pomoci pre zamestnancov, vykonávajúcich činnosti v zmysle čl. 46 nariadenia Rady (ES) č. 1083/2006, vo Výkazoch práce dvoch brigádničiek, neboli správne uvedené obdobia vykonávania činností (01.06.2013 – 30.06.2012, 01.07.2013 - 31.07.2012).