Fungujúci systém programového rozpočtovania predstavuje nástroj sledovania plnenia zámerov a cieľov. Obmedzenej funkčnosti systému programového rozpočtovania si je vedomá Vláda SR aj MF SR a preto je sfunkčnenie programového rozpočtovania uvedené ako v PVV, tak v POO. Na nefungujúce programové rozpočtovanie tiež viackrát upozornil NKÚ SR vo svojich predchádzajúcich kontrolách a stanoviskách k návrhu ŠR/RVS a návrhu ŠZÚ. Na účely sfunkčnenia programového rozpočtovania publikoval ÚHP v roku 2020 návrh reformy programového rozpočtovania a v rokoch 2020 a 2021 fungovala na MF SR tiež neformálna pracovná skupina. Kontrolou bolo zistené, že jednotlivé body reformy sa plnia čiastočne a pracovná skupina nedosahovala želané výsledky potrebné na sfunkčnenie programového rozpočtovania v zmysle strategických dokumentov, či uznesenia výboru NR SR pre financie a rozpočet. Jednou z príčin bolo neformálne postavenie pracovnej skupiny. Bez formálneho postavenia, mandátu na sfunkčnenie programového rozpočtovania nemohla pracovná skupina predstaviť konsenzuálny návrh zámerov a cieľov jeho sfunkčnenia, vrátane zodpovedností a termínov.

Jedným z kritérií podľa osvedčených postupov pri rozpočtovaní založenom na výsledkoch, publikovaných OECD v roku 2019 a hodnotených v rámci kontroly, bolo aj to, že údaje o výkonnosti sa riadia a spravujú ako strategické aktívum s cieľom zabezpečiť, aby boli údaje zistiteľné, prepojiteľné, štandardizované a včas dostupné. Kontrolou bolo zistené, že skutočný stav údajov vkladaných do RISu, zverejňovaných na stránke otvorených údajov MF SR rozpocet.sk a informácie uvedené v MSPŠ nezodpovedajú uvedenému kritériu, údaje sú nekonzistentné. Príčinou je na jednej strane odlišný prístup a chápanie programového rozpočtovania na jednotlivých kapitolách a na druhej strane nevenovanie náležitej starostlivosti o riadenie kvality a dodržiavanie metodiky programového rozpočtovania zo strany kapitol. Informácie vykazované v rámci programového rozpočtovania, monitoringu plnenia verejných politík vo vecnej pôsobnosti rozpočtových kapitol tak majú obmedzenú vypovedaciu hodnotu a minimálnu pridanú hodnotu pre vnútorné aj vonkajšie zainteresované skupiny.

Tým, že MSPŠ za roky 2014 až 2020 neboli vypracované v RISe, nepostupovalo MPSVR SR pri vypracovávaní MSPŠ v súlade s Čl. 8 ods. 6 metodického pokynu MF SR na usmernenie programového rozpočtovania č. 5238/2004-42, podľa ktorého správca kapitoly vypracováva v RISe ročnú monitorovaciu správu, a to najneskôr do 28. februára nasledujúceho roka.

Podľa všeobecných princípov programového rozpočtovania by malo existovať prepojenie medzi zámermi verejných politík a ich financovaním, rovnako ako medzi plnením cieľov prostredníctvom stanovených ukazovateľov a financovaním. Kontrolou programových rozpočtov a monitorovacích správ bolo zistené, že existovalo minimálne prepojenie medzi zámermi, ich plnením a financovaním. Toto zväčša formálne prepojenie je primárne zapríčinené transferovým charakterom rozpočtu MPSVR SR. Prepojenie plnenia cieľov prostredníctvom ukazovateľov a ich financovania nebolo možné overiť za jednotlivé roky kontrolovaného obdobia, keďže informácie o plnení cieľov prostredníctvom ukazovateľov, ako aj údaje o rozpočtovaných a skutočných výdavkoch v rámci programov obsahovala len MSPŠ za 2021. Monitorovacie správy medzi 2014 a 2020 popisovali plnenie zámerov a cieľov neúplne, chýbalo prepojenie na financovanie a boli spracovávané mimo RIS. Neplnenie týchto princípov zhoršuje zúčtovateľnosť, zodpovednosť za dosahované ciele a výsledky verejných politík a súčasne znižuje informovanosť a prehľadnosť rozpočtovania založeného na výsledkoch.